A főosztály feladata és célja a munkahigiéne és a foglalkozás-egészségügy területén a tudományos kutató, preventív, egészségügyi ellátó, oktató, gyakorlati szervező, szakmai irányító feladatok magas szintű ellátása.

Végzi a foglalkozás-egészségügy szakmai irányítását, felügyeletét, a foglalkozási megbetegedés gyanújával beutalt munkavállalók magas szintű, teljes körű kivizsgálását, klinikai ellátását.

A főosztály multidiszciplináris szakmai tudásbázisként működik. Ellátja a munkaegészségügyi kutatási, szakértői, járóbeteg-ellátási feladatokat, valamint a foglalkozási megbetegedések felismerésével, ellátásával kapcsolatos területeken a legmagasabb, III. progresszivitási szint feladatait. Ehhez számos szakrendelést működtet, amelyek országos illetékességgel végzik a foglalkozási eredetű megbetegedések kivizsgálását, terápiáját, illetve a szakértői vélemények kiadásához szükséges vizsgálatokat.

Szakmai irányítóként a főosztály szakemberei a jogszabályok által rendelt vizsgálatokat végzik. Ezek a vizsgálatok a munkahelyek egészségügyi hatásaira irányulnak (például fizikai és pszichés megterhelés, klimatikus és ergonómiai tényezők, többműszakos munkaszervezés stb.). Tevékenységének része a bírósági, illetve egyéb hatósági megkeresésekre az igazságügyi szakértői feladatok ellátása is.

Pszichológiai vizsgálóhelyet működtet, elsősorban a lőfegyver megszerzéséhez és tartásához szükséges első- és másodfokú pszichológiai alkalmasság, valamint a másodfokú munkaköri alkalmasság megítélése céljából. Mindemellett repülőorvosi központot is működtet, ahol repülőorvosi vizsgálatokat végez széles spektrumban.

A főosztály nyilvántartási feladatokat is ellát, melynek részeként foglalkozási rákregisztert vezet, nyilvántartja a fokozott expozíciós eseteket és a foglalkozási megbetegedéseket, valamint ezek elbírálásának előkészítése is a munkájának része.

Tevékenysége során biztosítja a munkahigiéne és a foglalkozás-orvostan területén a szakorvosképzés, a kötelező továbbképzések módszertani-oktatási feladatait országosan. Ezekhez a klinikai és szakértői vizsgálatok során szerzett tapasztalatok, illetve a folyamatos kompetenciafejlesztés adja az alapot. A főosztály a négy, szakorvosképzést folytató orvostudományi egyetem akkreditált külső képzőhelye foglalkozás-orvostan, megelőző orvostan és népegészségtan, munkahigiéne, iskola-egészségtan és ifjúságvédelem szakterületeken, és akkreditált kötelező továbbképzéseket is szervez. Emellett részt vesz az Óbudai Egyetem Bánki Donát Gépész és Biztonságtechnikai Mérnöki Kar munkavédelmi szakmérnök/szakember, illetve ergonómus képzésében is.

A munkaegészségügy területén változatos témákban folyik tudományos tevékenység: a főosztály munkatársai számos könyvfejezet, oktatási anyag, közlemény szerzői, valamint vezető tisztségeket töltenek be tudományos társaságokban (Magyar Üzemegészségügyi Tudományos Társaság, Magyar Munkahigiénés és Kémiai Biztonsági Tudományos Társaság, Szakmai Kollégium Foglalkozás-orvostan Tagozat, Magyar Ápolási Egyesület, Foglalkozás-egészségügyi Ápolói Szekció, Magyar Repülő- és Űrorvosi Társaság, Fodor József Iskolaegészségügyi Társaság). Emellett számos hazai és nemzetközi szervezettel (Union Européenne des Médecins Spécialistes, ILO-WHO International Chemical Safety Cards Program) tartanak fenn kapcsolatot, illetve látnak el vezető tisztségviselői feladatokat.